Từ năm 2006 thực hiện chế độ Chính ủy, Chính trị viên trong Quân đội.[3] Tổ chức Đảng bộ trong Bộ Tư lệnh Bảo vệ Lăng Chủ tịch Hồ Chí Minh theo phân cấp như sau:

• Đảng bộ Bộ Tư lệnh Bảo vệ Lăng Chủ tịch Hồ Chí Minh là cao nhất.
• Đảng bộ các Đoàn, Viện trực thuộc Bộ Tư lệnh Bảo vệ Lăng Chủ tịch Hồ Chí Minh
• Đảng bộ các đơn vị cơ sở trực thuộc Đoàn, Viện.
• Chi bộ các Phòng, ban cơ quan đơn vị trực thuộc Bộ Tư lệnh Bảo vệ Lăng Chủ tịch Hồ Chí Minh